Il comune è posto sugli argini del Po, lungo l’antica strada degli argini che costeggiando il fiume conduce da Cremona a Casalmaggiore ed è al confine con la provincia di Parma.

Il toponimo “Motta”, piuttosto diffuso nella pianura padana, deriverebbe dal termine germanico “mot”, cioè luogo di assemblee.

Il nome “Baluffi” è dovuto al fatto che nel secolo XVI la località venne infeudata alla nobile casata dei Baluffi.

Prima di assumere la denominazione attuale, pare si chiamasse “Vico Liberio”, dal nome di un generale romano vissuto ei tempi di Ottaviano Augusto.

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Secondo alcuni storici, lungo questo percorso sarebbero sorti alcuni insediamenti etruschi localizzati lungo il tratto che collegava l’antica Brescello (Brixellum) a Cremona. Circondato da paludi ed acquitrini il paese non venne direttamente coinvolto in eventi storici significativi per lungo tempo.

Il paese, di probabile origine franca, fu in passato paludoso a causa della presenza di un ramo del fiume, detto Po morto, ma nel XII secolo fu bonificato dai monaci benedettini. Essi procedettero ad una sistematica bonifica, abbattendo selve e dissodando terreni e fondarono anche un ricovero per ammalati chiamato San Cataldo della Motta.

Motta rappresentò da allora, per i passanti un luogo di rifugio e ristoro. Nel 1521 una lega armata dall'imperatore Carlo V e dal Papa poneva l'assedio a Cremona, ancora occupata dai francesi, che si arrendevano solo l'anno seguente. Nel corso delle varie operazioni militari, i veneziani, alleati dei francesi, trovandosi nella necessità di dover passare rapidamente il Po costruirono un ponte a Motta Baluffi, che permise loro di giungere presto a Bordolano, dove si accamparono.

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Il borgo già fortificato fu possedimento dell’episcopato cremonese e riuscì a diventare autonomo nel 1224.